진 마징가 ZERO VS 암흑대장군

초반부에는 전작의 엔딩과 에필로그 사이의 생략된 내용이 나오는데 코우지의 사이보그 육체가 한계에 달했고 공중원소고정장치도 결함이 발생해서 육체가 붕괴되려고 하지만 새로운 생체 클론 육체를 생성해서 뇌를 다시 그 육체에 이식, 코우지는 다시 인간으로 돌아왔다는 것과 종말의 마신 Z의 비밀을 전 세계에 공개 했지만 인류는 지금의 Z는 인류의 수호신이라는 것을 믿기에 마징가 Z를 해체 처리하지 않고 유지하는 것에 찬성해서 박물관에 전시 되었다는 내용이 밝혀진다. 하지만 코우지 일행이 길거리를 돌아다니던 중 재미삼아 들린 점술가중 한 명인 예언자에게 불길한 예언을 듣고 그 직후 새로운 적이 등장하면서 본격적인 스토리가 시작된다.