침묵의 함대

해상자위대 소속 잠수함 `야마나미`가 임무 도중 소련 잠수함과의 충돌사고로 침몰해 함장 가이에다를 비롯한 승무원 전원이 사망하는 참사가 발생한다. 이 사건으로 일본 국내는 들끓었지만, 진실은 따로 있었다. 가이에다와 승무원 전원은 생존해 있었던 것. 이들은 미국이 비밀리에 건조한 신형 핵잠수함 시배트(Seabat)급 잠수함의 승무원으로 발탁되어 비밀운항시험을 위해 사고를 위장했던 것이다. 하지만 예상치 못한 사태가 발생한다. 첫 운항에 나선 시배트가 돌연히 전열을 이탈해 숨어버린 것. 이윽고 나타난 가이에다는 자신들을 잠수함 국가 야마토라 칭하며 전세계를 상대로 전쟁을 벌여나간다.