황폐해지며 조용히 멸망해가는 행성 엘트리아. 죽어가는 토지에 남은 가족, 플로리안 일가는 `행성 재생`을 꿈꾸며 연구하고 있는 연구자 부부와 두 명의 딸 아미티에와 키리에의 4인 가족. 허나 아버지 그란츠 플로리안이 병으로 쓰러져, 행성 재생의 꿈은 무너져 버린다. 그 와중, 키리에는 `아득히 머나먼 세계`에서 아버지의 구원과 행성 재생의 꿈을 추구한다. 그런 키리에를 언니 아미티에가 막으려고 하지만 키리에는 언니의 제지를 뿌리치고, 소꿉친구이자 절친인 이리스와 함께, 아득히 머나먼 세계로 여행을 떠난다. 행선지는 `지구`라고 불리는 별의 극동지역의 작은 섬나라, 일본. 행성 재생의 꿈을 이루기 위한 `열쇠`를 탐색하는 키리에와 이리스는, 일본에 사는 3명의 소녀들에게 다가온다. 소녀들의 이름은 `타카마치 나노하`, `페이트 T. 하라오운`, `야가미 하야테`. 그 만남은, 두 세계와 두 행성의 운명을 건 싸움으로 이어진다──.
